昆山高新区商会是由昆山高新区党工委、管委会的领导和市工商联(总商会)的业务指导以及市民政局的监督管理下的民间组织，是党和政府联系区内非公有制经济人士的桥梁和纽带，是政府管理非公有制经济的助手。
昆山高新区商会成立于2002年9月18日(其前身是玉山镇商会)。建会十三年来，在高新区党工委、管委会的领导下，在市工商联(总商会)及市民政局等部门的帮助指导下，牢牢把握“两个健康”工作主题，围绕中心，服务大局，搭建平台，教育引导非公经济人士健康成长;强化服务，大力推进非公有制经济健康发展;夯基固本，扎实稳妥做好组织建设工作;多措并举，下大力狠抓自身建设，较好地完成了各项工作任务，连续数年被昆山、苏州、江苏省统战部门及工商联评为先进集体荣誉称号。
2015年4月，昆山高新区商会召开四届会员大会，选举产生四届理事会。四届商会会长由江苏华东造纸机械有限公司董事长孙友根同志担任，常务副会长由昆山同心表面科技有限公司张梅生董事长、天合建设集团有限公司总经理张敏担任。其余副会长分别是振华建设集团有限公司董事长钱玉良、江苏城南建设有限公司董事长张焕东、昆山金侨房地产开发有限公司董事长陈华、昆山市超华投资发展有限公司董事长彭来华、昆山恒发工业基布有限公司董事长李秋萍、江苏佳佳实业投资董事长张家文、一醉集团有限公司董事长张伯生、江苏凯宫机械股份有限公司董事长苏善珍、昆山永固化工容器有限公司总经理徐健康、昆山凯联置业发展有限公司董事长陈森、昆山长江滚动元件有限公司董事长郑冬、昆山利尔电气实业有限公司总经理黄海峰、昆山华丽日用化工厂董事长朱华仙、世模投资有限公司执行董事闻人耀、昆山市中裕农村小额贷款股份有限公司总经理郑文华、昆山市恒盛金属科技有限公司总经理张建均、江苏比高投资集团有限公司董事长黄亚福、江苏五环建设有限公司董事长许金良、昆山建国混凝土制品有限公司董事长李守国、昆山经济技术开发区联合建筑工程有限公司总经理孙阿明、昆山海子精密金属工业有限公司董事长潘天柱、昆山市展邦电器有限公司董事长林忠生和昆山鑫泰利精密模具有限公司董事长张晓亮。秘书长由刘民同志担任，副秘书长由金福明、沈玉英、邹惠芳同志担任。
高新区商会工作的总体思路是：积极践行新发展理念，实施创新驱动发展战略，着力推进供给侧结构性改革，培育发展新动能，改造提升传统动能，加快产业迈向中高端，实现企业提质增效升级。要把守法诚信作为安身立命之本，依法经营、依法治企、依法维权，积极履行社会责任，共同构建健康政商关系，做合格的中国特色社会主义事业建设者。高新区商会将继续坚持团结、服务、引导、教育的方针，一手抓教育引导，一手抓鼓励支持，既要关注民营企业家的思想、帮助他们健康成长，又要关注他们的困难、排忧解难，推动形成有利于民营经济发展的政策环境、法治环境、市场环境、社会环境，充分调动企业家的积极性、主动性、创造性，发挥企业家才能，让他们安心、专心、用心转方式调结构谋发展，积极配合好高新区党工委、管委会的发展战略和工作重点，坚定信心，脚踏实地抓好转型升级，持之以恒抓好创业创新，要继续组织有实力、有爱心的民营企业家参与到扶贫济困的光彩事业中去。
商会将着重在提升实效上下功夫，引导广大非公经济人士参与到教育、引导、团结、凝聚的全过程中来，为推进支持民营经济的创业创新工作，做出新的更大贡献。
高新区商会在新的形势下，将一如既往，以开拓创新的姿态积极做好各项服务工作，学习贯彻习近平总书记在中央党的群团工作会议上的重要讲话精神 ，认真坚持“立会为公、办会为民、依法办会、以诚强会”的指导思想。切实履行商会章程的职能，努力落实内部管理的“四项制度”，使高新区商会工作在诚信服务、政企沟通、企业维权、部门协调等方面有新的进步。